Герберт Вернер родился во Фрайбурге-им-Брайсгау 13 мая 1920 года. Поступил в военно-морской флот в 1939 году в качестве кандидата в офицеры, а в ноябре 1940 года стал гардемарином . Служил на минном тральщике в Балтийском море. В апреле 1941 года был назначен вахтенным офицером на подводную лодку и с апреля по ноябрь 1941 г. провел с ней три боевых патрулирования, в ходе которых участвовал в ряде боевых действий и в потоплении пяти торговых судов.
Вернера повысили и отправили в школу подводных лодок для дополнительного обучения, далее он продолжил службу в качестве первого вахтенного офицера. Провел четыре похода (добившись только одного успеха) до декабря 1943 года, когда его снова повысили в звании и отправили в командирскую школу.
В апреле 1944 года он стал командиром подводной лодки. Имел звание Оберлейтенант Цур Зее (Oberleutnant zur See), что является самым высоким званием лейтенанта в немецком флоте.
Награжден Железным Крестом 1-го класса.
Пробыл недолго в плену у союзников, был освобожден осенью 1945 года. Переехал в США в 1957 году и написал там самые продаваемые мемуары о подводном флоте "Стальные гробы". Книга увидела свет в 1969 году. Считается, что он умер 6 апреля 2013 года (92 года) в Веро-Бич, Флорида.
Командиров подводных лодок Германии, переживших войну, можно подсчитать по пальцам одной руки. Герберту Вернеру посчастливилось выжить, и благодаря этому теперь есть его биографическая книга "Стальные гробы". Скорее всего он единственный действующий командир подводной лодки, кто написал книгу о том как происходила подводная война.